การผ่าตัด แปลงเพศชายเป็นหญิง เป็นการผ่าตัดเพื่อตกแต่งอวัยวะเพศภายนอก ให้มีรูปร่างเหมือนอวัยวะเพศหญิง และสร้างช่องคลอดใหม่ เป็นการสร้างช่องคลอดเทียม ที่มีขนาดลึกพอสมควร เพื่อรองรับการใช้งาน ในลักษณะของเพศหญิง และสามารถร่วมเพศได้ โดยสร้างรูปร่างของอวัยวะเพศใหม่ ให้ดูคล้ายกับ อวัยวะเพศหญิงให้มากที่สุด โดยประกอบด้วยแคมนอก และแคมใน , การเปลี่ยนแนวทางของท่อปัสสาวะ ให้อยู่ในแนวที่ถูกต้อง เนื่องจากผู้ชายจะปัสสาวะพุ่งไปข้างหน้า ส่วนในผู้หญิง จะมีทิศทางพุ่งลงล่าง , สร้างจุดรับสัมผัสหรือปุ่มคลิตอริส เพื่อทำให้มีจุดรับสัมผัส ที่ใกล้เคียงกับของผู้หญิงมากที่สุด การศัลยกรรม แปลงเพศ นั้น เป็นการผ่าตัดใหญ่ และมีผลต่อชีวิต ที่เปลี่ยนไป หลังการผ่าตัดอีกด้วย การเตรียมตัวให้พร้อม ทั้งทางด้าน การศึกษา ข้อมูลการผ่าตัดที่เพียงพอ การเลือกแพทย์ ที่มีความชำนาญ และการถามใจตัวเองอย่างแท้จริง ก็จะทำให้การผ่าตัดนั้น ประสบความสำเร็จ ด้วยความพึงพอใจ

แปลงเพศผู้ป่วยต้องได้รับการตรวจร่างกาย เพื่อให้แน่ใจว่าไม่มีโรคอันตราย หรือเสี่ยงต่อการผ่าตัด ทั้งนี้เนื่องจากการผ่าตัด ต้องใช้ยาสลบร่วมด้วย ผู้ป่วยจึงต้องมีสุขภาพ แข็งแรงพอสมควร จะต้องมีการตรวจเลือด เพื่อตรวจโรคที่มากับเลือด โดยเฉพาะเชื้อไวรัสเอดส์ และตับอักเสบเป็นต้น หลังจากนั้นสิ่งสำคัญที่ต้องตรวจ คือลักษณะของอวัยวะเพศว่า มีขนาดเพียงพอจะใช้ สำหรับการสร้าง ช่องคลอดใหม่หรือไม่ หากมีขนาดสั้นเกินไป หรือเคยขลิบหนังอวัยวะเพศ ส่วนปลายมาแล้วนั้น ก็จะมีผลทำให้การผ่าตัด แปลงเพศ ได้ช่องคลอดที่ตื้นเกินไป ทำให้อาจจะต้องมีการผ่าตัดเพิ่มความยาว โดยการใช้ผิวหนังมาปลูกช่วย หรือเลือกใช้ลำไส้ใหญ่มาช่วย ในการทำช่องคลอด ให้ได้ความลึกที่เพียงพอ หากไม่มีข้อจำกัดเรื่องนี้แล้ว การสร้างช่องคลอด จะใช้ผิวหนังรอบอวัยวะเพศเดิม ในการสร้างผนังช่องคลอด

ในการผ่าตัด แปลงเพศหลังดมยาสลบ แพทย์จะทำการเจาะช่อง เพื่อเป็นช่องคลอดใหม่ ให้ได้ความลึกเพียงพอ และจัดการตัดส่วนต่างๆ ให้ได้ลักษณะที่เหมาะสมซึ่งได้แก่ ท่อปัสสาวะให้พุ่งลงล่าง , การตัดปลายอวัยวะเพศชาย โดยเลาะส่วนหนึ่งเก็บไว้พร้อมเส้นเลือด และเส้นประสาทเพื่อสร้างจุดคลิตอริสใหม่ , ตัดลูกอัณฑะออก พร้อมท่อส่งน้ำเชื้อให้เหลือสั้นที่สุด , ตัดแต่งผิวหนังส่วนเกิน และสร้างอวัยวะเพศส่วนนอก ให้ได้รูปร่างที่ดูเหมือนอวัยวะเพศหญิงมากที่สุด เป็นอันเสร็จสิ้นการผ่าตัดแปลงเพศหลังจากนั้นผู้ป่วยต้องได้รับการปิดช่องคลอดที่สร้างใหม่ ด้วยผ้ายาและใส่สายสวนปัสสาวะ เพื่อเป็นทางระบายน้ำปัสสาวะ ไม่ให้เลอะแผลผ่าตัด พร้อมกับมีสายระบายเลือด เพื่อป้องกันไม่ให้เลือดคั่งค้างในส่วนที่ผ่าตัด